1. Hizbul Wathan
Bagi warga muhammadiyah pasti sudah tidak asing dengan ekstra ini. Bisa dibilang Hizbul Wathan adalah ekstra wajib bagi setiap siswa di sekolah muhammadiyah. Ekstra ini akan dikenalkan dahulu pada Kelas 1 dan kemudian pelaksanaannya baru akan dimulai di kelas 4 dan kelas 5. Dan sebagai penutup kegiatan Hizbul Wathan di Sekolah Dasar nantinya akan diadakan Kemah di Kelas 5.
2. Tapak Suci
Seperti halnya Hizbul Wathan, tapak suci juga familiar dikalangan warga muhammadiyah. Tapak suci merupakan salah satu aliran dan suatu organisasi bela diri yang ada di muhammadiyah. Tetapi tidak seperti Hizbul Wathan yang menjadi ekstra wajib, tapak suci ini masuk ke kategori ekstra pilihan yang diperuntukkan bagi siswa siswi kelas 4 dan 5 yang ingin mengikuti ekstra ini. Untuk pelaksanaannya, tapak suci dilaksanakan di SD Muhammadiyah Sokonandi Unit 2.
3. Drumb Band
Ekstra ini merupakan salah satu dari sekian ekstra favorit yang ada. Melalui ekstra ini juga prestasi membanggakan hadir ke SD Muhammadiyah Sokonandi. Bahkan setidaknya ekstra ini menjuarai sekurang-kurangnya 1 ajang setiap tahunnya. Ekstra baru dapat diikuti saat kelas 3 dan ini merupakan ekstra wajib untuk siswa siswi kelas 3. Namun untuk kelas yang lainnya tidak perlu khawatir, siswa siswi kelas 4 dan kelas 5 juga dapat ikut ekstra drumband karena ekstra ini merupakan ekstra pilihan bagi siswa kelas 4 dan kelas 5. Untuk pelaksanaannya akan dilaksanakan di SD Muhammadiyah Sokonandi Unit 1 pada hari senin dan rabu.
4. Paduan Suara
Meski masih tergolong ekstra baru di SD Muhammadiyah Sokonandi, ekstra ini merupakan salah satu ekstra favorit lho. Bagi siswa siswi kelas 3 sampai kelas 5 yang ingin mengikuti ekstra ini akan diaudisi terlebih dahulu sebelum bergabung dengan tim paduan suara. Untuk prestasi pun juga sudah tidak diragukan lagi. Salah satu prestasi yang telah diraih adalah Winner dan memperoleh 3 Golden Medal pada ajang internasional mengalahkan kontestan dari negara lain. Jadwal ekstra ini dilaksanakan hari selasa pukul 14.30-16.00 WIB di SD Muhammadiyah Sokonandi Unit 2.
5. Futsal
Bagi siswa siswi yang hobi ber-olahraga, ekstra ini juga sangat cocok untuknya. Siswa siswi akan dilatih bagaimana cara bermain bola yang baik dan benar. Ekstra ini juga termasuk di kategori ekstra favorit di SD Muhammadiyah Sokonandi. Untuk prestasinya pun juga sangat membanggakan. Tim futsal pun juga akan diikutkan pada tournament yang ada di wilayah DIY dan Jateng. Ekstra ini dapat diikuti oleh siswa siswi mulai dari kelas 2 sampai kelas 6 dan akan dilaksanakan pada hari selasa untuk kelas 2 dan 3, untuk kelas 4-6 hari jum'at pada pukul 14.00-15.00 di Lapangan Tifosi Futsal yang letaknya pun tidak jauh dari sekolah.
6. Seni Lukis
Seni lukis merupakan salah satu ekstra yang dapat menampung siswa siswi yang memiliki keahlian dibidang seni. Untuk ekstra seni lukis ini seluruh siswa kelas 1 sampai dengan siswa kelas 5 dapat mengikutinya. Siswa siswi yang mengikuti ekstra ini langsung mendapat fasilitas paket alat tulis (buku gambar, spidol, dan crayon). Media untuk melukisnya pun akan bervariasi, mulai dari melukis di tas, kanvas, melukis di kaos, mika, dan lainnya. Untuk pelaksanaannya siswa siswi yang berada di kelas 1-3 akan ditempatkan di SD Muhammadiyah Sokonadi Unit 1 pada hari senin. Dan untuk kelas 4-5 akan ditempatkan di SD Muhammadiyah Sokonandi Unit 2 pada hari kamis. Untuk jam pelaksanaan akan dilaksanakan pada jam 14.00 - 16.00 WIB.
7. Biola
Ekstra biola ini merupakan ekstra yang cukup asyik. Siswa siswi yang ikut akan diajarkan oleh pelatih profesional bagaimana cara bermain biola sampai bisa. Ekstra ini juga cukup sering ditampilkan untuk event-event yang ada, baik event sekolah maupun event dari luar sekolah. Siswa siswi dari kelas 1 sampai kelas 5 dapat mengikuti ekstra ini. Jadwal untuk ekstra ini adalah hari selasa dan kamis pukul 14.00-15.00 WIB di SD Muhammadiyah Sokonandi Unit 1.
8. Renang
Berlokasi di Hotel Grand Rosela dan Hotel mIndah Palace, ekstra renang juga merupakan salah satu ekstra yang memiliki banyak peminat. Ekstra ini dilaksanakan 2 kali dalam satu minggu, yaitu hari Senin dan Jumat.
9. Robotik
Ekstra Robotik juga merupakan salah satu ekstra favorit di SD Muhammadiyah Sokonandi. Tim robotik ini dieri nama SCORCO. Jika berbicara soal prestasi, tim robotik SD Muhammadiyah Sokonandi sudah banyak meraih prestasi, baik di Yogyakarta, luar kota, bahkan luar negeri pun sudah pernah mereka juarai. Bagi siswa siswi yang berminat bergabung dengan ekstra ini harus bersabar dulu sampai kelas 3, karena ekstra ini baru dapat diikuti saat sudah kelas 3 sampai kelas 5. Untuk pelaksanaannya kelas 3 sampai kelas 5 sama, yaitu pada hari kamis. Yang berbeda adalah tempat ekstranya, yaitu untuk kelas 3 berada di gedung unit 1 sedangkan kelas 4-5 berada di gedung unit 2.
10. English Club
Untuk ekstra ini, siswa siswi dilatih bahasa inggrisnya oleh para guru pembimbing, mulai dari penulisan hingga praktinya. Sebagai upaya mengetahui kemampuan anak, mereka diajak untuk berinteraksi dengan para bule yang berada ditempat-tempat wisata sekitar jogja. Ekstra ini dapat diikuti oleh siswa kelas 3 hingga kelas 5.
11. Gemar Sains dan Matematika (Olimpiade)